Pendant plus de deux millénaires, les Koushites ont été en rivalité avec les Egyptiens pour la domination de la vallée du Nil. Les Grecs les appelaient Ethiopiens "visages brûlés" mais le pays de Koush appartient maintenant à la province du Butana district du Kéraba au Soudan.
Les pharaons de la 12e dynastie (vers 1900 av. J.C.) avaient dû construire de puissantes forteresses au niveau de la 2e cataracte du Nil pour protéger leur frontière sud contre les attaques récurrentes du belliqueux royaume koushite de Kerma.
Durant la Deuxième Période Intermédiaire (vers 1550 av. J.C.) le dynaste Hyksos d'Avaris avait tenté d'obtenir une alliance avec le souverain de Kerma pour prendre en tenailles le fragile royaume de Thèbes. Finalement les Koushites de Kerma furent battus par le roi Kamose qui par la suite épousa probablement une princesse koushite originaire de Méroé, Makéda. Leur fille en épousant le pharaon Ahmose, premier souverain de la 18e dynastie, devint la grande reine Ahmose-Nefertari. Finalement le pharaon Touthmose III détruisit Kerma et établit la domination de l'Egypte sur le pays de Koush qui demeura vassal de l'Egypte jusque sous le règne de Ramsès IX (1050 avt J.C.)
Vers 1000 av. J.C. un nouveau royaume koushite émergea au niveau de la 4e cataracte. Sa capitale était la cité de Napata établie au pied de la montagne sacrée des Koushites, le Djebel Barkal, la demeure du dieu Amon. Cependant il y a des indices que cette lignée de rois était originaire de Méroé, 200 km plus au sud. Ce royaume atteignit l'apogée de sa puissance à partir de 752 av. J.C. quand les pharaons de la 25e dynastie venant de Napata conquirent l'Egypte jusqu'à Memphis et régnèrent à la fois sur l'Egypte et le pays de Koush. Mais en 671 avt J.C., ils furent chassés d'Egypte par le roi Assyrien Assurbanipal. Cependant ils continuèrent de régner sur la Haute Nubie depuis leur résidence de Napata.
En 591 av. J.C. le pharaon Psammétique II averti d'une attaque imminente des Koushites ordonna un raid sur leur capitale. Les armées égyptiennes renforcées par un corps de mercenaires grecs atteignirent Napata et brûlèrent les temples du Djebel Barkal. A la fin du règne du roi koushite Aspelta battu par les Egyptiens, les Koushites transférèrent leur capitale à Méroé loin du pouvoir égyptien.
Le royaume koushite de Méroé fut prospère de 568 av. J.C. jusque vers 350 ap. J.C. mais il y a des indices que la cité existait déjà au 8e siècle av. J.C. Cependant jusqu'à présent seulement 30 % du site de la cité de Méroé ont été fouillés.
Selon les auteurs anciens le territoire de l'île de Méroé était délimité par trois fleuves : le Nil Bleu au sud, le Nil Blanc à l'ouest et son affluent l'Atbara au nord-est, qui l'encerclaient presque complètement. C'est la raison pour laquelle, on l'appelait "L'île de Méroé".
FLAVIUS JOSEPHE (Antiquité des Juifs II, 10) décrit ainsi le site de Méroé : “Le Nil (Blanc) l'entourait d'un cercle, et d'autres fleuves, l’Astapos (Nil Bleu) et l'Astaboras (Atbara), rendaient l'attaque malaisée à ceux qui tentaient d'en franchir le cours. La ville, se trouvant à l'intérieur, est comme une île ; de fortes murailles l'enserrent et, contre les ennemis, elle a pour abri ses fleuves, ainsi que de grandes digues entre les remparts et les fleuves, de sorte qu'elle ne peut être inondée si la crue vient à être trop violente ; et c'est ce qui rendait la ville imprenable même à ceux qui avaient passé les fleuves.”. C'est la raison pour laquelle nous avons reconnu dans cette topographie très particulère l'île atlantide décrite par Platon.